一、项目信息  项目名称：油茶SSR测序检测与分析   项目编号：62********75  项目联系人及联系方式： 油茶所  ********   报价起止时间：******** 10:33  -  ******** 10:33   采购单位：湖南省林业科学院   供应商规模要求： -   供应商资质要求： -   供应商基本要求：满足湖南省政府采购电子卖场管理办法的供应商  二、采购需求清单 商品名称 参数要求 购买数量 控制金额(元) 意向品牌 技术测试和分析服务 核心参数要求:商品类目: 技术测试和分析服务; 描述:对SSR位点进行多重扩增反应，使用一代毛细管电泳平台和二代测序平台相结合进行体系的快速准确的优化;采购需求:1. 使用FastQC软件进行数据量统计和质量评估； 2. 分型结果统计（基于扩增滑移和不同长度多态扩增效率校正后的数据），每个样本每个SSR位点各重复数对应的 reads 数量，不同基因型之间的相对比例，不同基因型之间的绝对比例； 3. 进行遗传多样性分析，包括：HWE检验、观测等位基因数、有效等位基因数、观测杂合度、期望杂合度、香农信息指数、多态性信息量；同时提供POPGENE和GenAlEx（二倍体），以及SPAGeDi（二倍体及多倍体）软件对应格式的输入文件； 4. 对样本进行遗传距离计算，计算亚种群间的遗传距离。根据结果使用NJ、FastME、UPGMA等方法构建进化树，利用R包ggtree进行绘图（高级分析）； 5. 采用Structure软件进行群体结构估计（高级分析）； 6. PCoA分析（高级分析）； 7. 采用R包poppr进行AMOVA分析（高级分析）； 8. 采用Treemix软件进行基因流分析。（高级分析）； 9. 核心种质构建、关联分析。;次要参数要求: 1次 ********.00 -   买家留言：-   附件： 油茶SSR测序检测与分析.doc   响应附件要求：1. 使用FastQC软件进行数据量统计和质量评估；2. 分型结果统计（基于扩增滑移和不同长度多态扩增效率校正后的数据），每个样本每个SSR位点各重复数对应的 reads 数量，不同基因型之间的相对比例，不同基因型之间的绝对比例；3. 进行遗传多样性分析，包括：HWE检验、观测等位基因数、有效等位基因数、观测杂合度、期望杂合度、香农信息指数、多态性信息量；同时提供POPGENE和GenAlEx（二倍体），以及SPAGeDi（二倍体及多倍体）软件对应格式的输入文件；4. 对样本进行遗传距离计算，计算亚种群间的遗传距离。根据结果使用NJ、FastME、UPGMA等方法构建进化树，利用R包ggtree进行绘图（高级分析）；5. 采用Structure软件进行群体结构估计（高级分析）；6. PCoA分析（高级分析）；7. 采用R包poppr进行AMOVA分析（高级分析）；8. 采用Treemix软件进行基因流分析。（高级分析）；9. 核心种质构建、关联分析。 

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